İlk təhsilini İranda almış, burada ustad tarzənlərdən tar ifaçılığının və muğamatın sirlərinə dərindən yiyələnmiş, 1920 ildən Bakıda musiqi məclislərində və konsertlərdə çalmış, müəllimlik etmişdir. 1930 illərdən Ü.Hacıbəylinin dəvəti ilə Azərbaycan Dövlət Konservatoriyasında, daha sonra Azərbaycan Dövlət Musiqi Məktəbində muğamatdan dərs demişdir (1930 – 1973). Azərbaycan radiosunun nəzdində xalq çalğı alətləri ansamblının təşkilatçısı və rəhbəri (1931 – 1973) olmuşdur. 1973-cü ildən həmin ansambl Əhməd Bakıxanovun adını daşıyır. Bu ansambl bir çox görkəmli xanəndələri – Cabbar Qaryağdıoğlunu, Seyid Şuşinskini, Hüseynqulu Sarabskini, Zülfi Adıgözəlovu və b. müşayiət etmiş, geniş konsert proqramları ilə çıxış etmişdir. Azərbaycan xalq musiqisinin, xüsusilə muğamların təbliğində Ə.Bakıxanovun böyük xidməti var. O, muğam sənətinin dərin bilicisi olmuş, ifaçılıq təcrübəsində az ifa olunan “Nəva – nişapur”, “Əbu - əta” muğamlarının mahir ifaçısı kimi tanınmışdır. Eyni zamanda, onun yaratdığı bir çox melodiyalar, rənglər xalq ifaçılığında geniş yayılmışdır. Ə.Bakıxanov “Azərbaycan xalq rəngləri” (1964), “Azərbaycan ritmik muğamları” (1975) kimi not nəşrlərinin müəllifidir. Bu məcmuələr xalq musiqisinin tədrisi və tədqiqi üçün qiymətli vəsaitdir. Onun musiqi məktəbləri üçün tərtib etdiyi muğam proqramı tar tədrisində bu gün də istifadə olunur. Ə.Bakıxanov ömrünün çox hissəsini musiqi kadrlarının tərbiyəsinə həsr etmişdir: Həbib Bayramov, Əhsən Dadaşov, Sərvər İbrahimov, Əliağa Quliyev, Əlikram Hüseynov onun tələbələri olmuşlar. Bir çox bəstəkarların (Arif Məlikov, Hacı Xanməmmədov, Nəriman Məmmədov və b.) muğam müəllimi olmuşdur. İranlı musiqiçilər Əli Səlimi və Adil Axundzadə onun yetirmələri olmuşlar. Ə.Bakıxanovun ifasından bəstəkar N.Məmmədov tərəfindən bir çox instrumental muğamlar: “Rast”, “Şur”, “Bayatı-Şiraz”, “Segah-Zabul”, “Rahab”, “Şüştər”, “Hümayun”, “Şahnaz” muğamları nota salınaraq çap olunmuşdur. Ə.Bakıxanovun oğlu, bəstəkar, xalq artisti Tofiq Bakıxanov onun ifaçılıq üslubundan bəhrələnərək, “Dügah”, “Nəva”, “Şahnaz”, “Hümayun”, “Rahab” simfonik muğamlarını bəstələmişdir. Əhməd Bakıxanovun mənzilində Azərbaycan Dövlət Musiqi Mədəniyyəti Muzeyinin filialı yaradılmış, burada tarzənin xalq çalğı alətlərindən ibarət zəngin kolleksiyası sərgisi nümayiş olunur. 1994-cü ildə Əhməd Bakıxanovun 100 illiyinə həsr olunmuş tələbə və gənclərin tar alətində muğam ifaçılığı üzrə respublika müsabiqəsi keçirilmişdir.